YaWPS を mod_perl 下で実行するには、以下の構築作業が必要です。
なお、この構築方法は Apache 専用ですので、ご注意ください！

...Step 1:
startup.pl ファイルを編集します。13行目の以下の部分を変更する必要があ
るでしょう
use lib qw(/var/www/perl/yawps);
/var/www/perl/yawps は YaWPS がインストールされたパスに変更する必要が
あります。

...Step 2:
Apache の設定によっては、 perl.conf （または srm.conf および 
httpd.cond も）を編集し、 perl モジュールを有効にしているセクションに
以下の行を追加します:
PerlRequire /var/www/perl/yawps/mod_perl/startup.pl
上の行は YaWPS をインストールしたパスに応じて変更する必要があるでしょ
う。

...Step 3:
全てのスクリプトが mod_perl 下で実行されるディレクトリ内にあるかを確か
めます。

...Step 4:
httpd を再起動すれば、 YaWPS をガシガシ使える状態になります。

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訳注
statup.pl は配布ファイルの tools/modperl ディレクトリにあります。
修正箇所は実際には「コメント部を除いて」13行目、実際には0.7.1版では39
行目にあります。行番号ではなく上の記述を頼りに探すと良いでしょう。